Die Sammlung zeitgenössischer Kunst umfasst den Zeitraum nach 1945. Eine repräsentative Werkauswahl der Sammlung wird heute im oberen Tonnengewölbe des Nordflügels und im Skulpturenpark gezeigt.

Wurde nach der Eröffnung des Museums ab 1976 in repräsentativem Maße Bildhauerkunst aus der DDR gesammelt, öffnete sich die Sammeltätigkeit ab 1990 wieder internationalen Kunstentwicklungen. So wie es einst in der Gründungsphase der öffentlichen Kunstsammlungen in Magdeburg am Ende des 19. Jahrhunderts, im Kaiser-Friedrich-Museum, bereits die Konzeption des Museumsdirektors Theodor Volbehr war.

Mit der Neuordnung der Sammlung in den letzten Jahren wurde bewusst auf geografische, stilistische oder medienspezifische Festlegungen verzichtet. Entsprechend dem gegenwärtigen Kunstgeschehen, das als ein lebendiges, zeitlich changierendes System erscheint und mit der Vielfalt künstlerischer Praktiken operiert, werden anhand signifikanter Positionen allgemeine Zusammenhänge illustriert.

Neben gesicherten Positionen der internationalen Kunst seit den 1960er Jahren, die beispielsweise mit Enrico Castellani, Giovanni Anselmo, Alberto Zorio, Jenny Holzer und Jannis Kounellis inzwischen in der Dauerausstellung vertreten sind, stehen Arbeiten jüngerer Künstler*innen internationaler wie regionaler Verortung. Besonderer Wert wird hierbei auf signifikante Einzelwerke gelegt, die die Kraft besitzen, eine Vorstellung von der Gesamtheit einer Richtung, einer Anschauung, einer Intention zu vermitteln.

Dadurch ist es möglich, auch auf Entwicklungen der Kunst einzugehen und auf Impulse zu setzen, die bislang weniger im Fokus allgemeiner Aufmerksamkeit des Kunstgeschehens stehen, und damit den eigenständigen Charakter der Sammlung zu unterstreichen.

Zum Ende des letzten Jahrhunderts hat sich das Video zum gleichberechtigten künstlerischen Medium entwickelt, indem es ein eigenes Bildverständnis hervorbrachte. Die Mediensammlung (Video/Film) des Kunstmuseums besteht seit 2005 – Beispiele reichen von den Pionierzeiten des Mediums in den sechziger Jahren bis hin zum eigentlichen Videoboom der unmittelbaren Gegenwart mit Werken u. a. von John Smith, Dagmar Varady, Sigalit Landau, Sean Snyder, Andrea Fraser, Beat Streuli, Annika Kahrs, Nan Hoover oder Hito Steyerl.

Das Kultusministerium des Landes Sachsen-Anhalt, die Sammlung der Kunst- und Kulturstiftung der Stadtsparkasse Magdeburg, private Förderer und Stifter sowie der Freundeskreis des Museums sind unverzichtbare Säulen der Ankaufspolitik.